Dengan keanekaragaman terumbu karang dan ikan yang tinggi (survey ilmiah FDC-IPB, 1994). itu sebabnya mengapa pemerintah Indonesia, melalui Departemen Kehutanan menetapkan Kepulauan Wakatobi sebagai Taman Nasional pada tahun 1996 dengan total luas1,39 juta hektar. Hasil Rapid Ecological Assesment (REA) oleh program bersama kelautan TNC-WWF bekerjasama dengan Balai Taman Nasional Kepulauan Wakatobi menunjukan terdapat lebih dari 396 jenis karang dan 590 jenis ikan di Wakatobi.

Salah satu pulau yang sering dikunjungi para penyelam adalah pulau Hoga. Pulau Hoga merupakan pulau kecil di utara pulau Kaledupa. Di pulau ini telah dikembangkan resort wisata dan penelitian. Setiap tahun banyak mahasiswa dan peneliti dari luar negeri datang melakukan penelitian atau praktek kerja lapang terkait terumbu karang dan ekosistem laut lainnya. Terdapat beberapa site penyelaman di pulau Hoga ini. Salah satu site yang sangat menarik adalah outer-pinnacle di Hoga channel yang berbentuk seperti punggung naga dan terdapat terowongan diujungnya pada kedalaman sekitar 120 feet.

Beberapa site penyelaman yang menarik untuk dicoba seperti Wanci, Karang Kaledupa yang merupakan karang penghalang terpanjang di Indonesia, kurang lebih 6 km sebelah utara pulau Kaledupa dan Tomia, Karang Anano di pulau Runduma atau biasa disebut pulau penyu karena pulau ini memang merupakan habitat penyu bertelur, Mari Mabuk di pulau Tomia yang memiliki banyak ikan dan arus cukup kencang, serta Kentiole dan Koromaho di pulau Binongko yang juga dikenal sebagai pulau Tukang Besi. Mayoritas dive-spot di Wakatobi memiliki contour drop-off atau wall.